
Uma das principais características de Gravity Falls é o destaque que mistérios possuem na trama. A série possui tantos mistérios que eles não são limitados apenas à história. Ao final de cada episódio, durante os créditos finais, é exibido um criptograma para que a audiência possa praticar suas habilidades investigativas e de solução de enigmas.
A dica de como resolvê-los se encontra no sussurro no final do tema de abertura. Para isso, é necessário ouvir o sussurro de trás para a frente. A seguir se encontram as cifras utilizadas para resolver os enigmas da primeira temporada:
Episódios 1 a 6: Cifra de Cesar;
Episódios 7 a 13: Cifra de Atbash;
Episódio 14 a 19: Cifra A1Z26;
Episódio 20: Uma combinação de cifras;
Episódio 21: Cifra de Vigenère.
Em certo episódio, o porco de estimação de Mable, o carismático Waddles, fica super inteligente. Sob essa nova condição, o porquinho cria um aparelho que o permite falar. Na versão original em inglês, a voz de Waddles foi interpretada pelo cientista e apresentador Neil deGrasse Tyson.